重庆 手机网站制作,36氪网站用什么程序做的,网站开发申请,漂流瓶做任务网站在Ubuntu系统安装vasp.5.4.4的全过程 VASP的简介与相关学习资料安装前的准备工作及说明安装过程intel编译器的安装VASP的编译VASP的测试 参考来源 VASP的简介与相关学习资料 VASP(Vienna Ab initio Simulation Package)是基于第一性原理对原子尺度的材料进行模拟计算的软件。比… 在Ubuntu系统安装vasp.5.4.4的全过程 VASP的简介与相关学习资料安装前的准备工作及说明安装过程intel编译器的安装VASP的编译VASP的测试 参考来源 VASP的简介与相关学习资料 VASP(Vienna Ab initio Simulation Package)是基于第一性原理对原子尺度的材料进行模拟计算的软件。比如可以进行原子尺度材料的电子结构计算、分子动力学过程的模拟分析等。 官方网站提供了软件学习的examples与tutorials: Exampleshttps://www.vasp.at/wiki/index.php/Category:Examples Tutorialshttps://www.vasp.at/wiki/index.php/Category:Tutorials (从原子、分子到块体结构再到表面结构)
安装前的准备工作及说明
【安装所处的环境】linux环境Ubuntu系统版本为20.04.6 LTS 【安装包的准备】这部分的文件需要自己去找
intel编译器的安装包及Licenses文件本文选择的版本是Intel® Parallel Studio XE 2020 Cluster EditionVASP的安装包本文选择的版本为vasp.5.4.4.tar.gz
安装过程
intel编译器的安装 已知VASP的编译需要很多编译器包括
Compilers for Fortran (at least F2008 compliant), C, and C.Numerical libraries: FFTW, BLAS, LAPACK, and ScaLAPACK.An implementation of the Message Passing Interface (MPI).
因此我们可以去找已经把以上编译器和相关库组合好的软件安装软件即可这就是为什么安装Intel® Parallel Studio XE 2020的原因。 【安装过程】
解压Intel® Parallel Studio XE 2020的安装包tar -xzf 安装包名称本文选择纯文本环境下安装因此进入解压后的文件夹cd 解压后的安装包名称进入文件夹后执行./install.sh启动安装程序界面如下 回车输入空格到达底部输入accept然后回车 同意软件收集系统的信息输入1然后回车 安装过程识别了系统信息后弹出以下界面输入1然后回车 软件权限选择识别license file因此先输入2然后回车 选择离线选择license file输入1然后回车然后输入你的license file所在路径(这里要自己去找这个软件的Licenses文件夹路径就是这个文件夹所在的路径)回车 识别license成功后弹出计划安装的配置选择输入1然后回车进入安装的组件选择我们这里要选择自定义安装只选择安装VASP编译所需要的组件因此输入2然后回车 取消勾选“IA-32”保留“Intel® 64”的选择因此输入1然后回车继续回车进入下一步的选择 进入具体组件的选择(Change components to install)因此输入3然后回车 分别进入2-16的选项仅保留以下组件的安装 Intel C Compiler 19.1 Update 3 Intel Fortran Compiler 19.1 Update 3 Intel Math Kernel Library 2020 Update 4 for C/C下的Intel MKL core libraries for C/C和Cluster support for C/C Intel Math Kernel Library 2020 Update 4 for Fortran下的Intel MKL core libraries for Fortran、Cluster support for Fortran和Fortran 95 interfaces for BLAS and LAPACK Intel Threading Building Blocks 2020 Update 3 Intel MPI Library 2019 Update 9下的Intel MPI Library for applications running on Intel® 64 Architecture
其他组件均不选择最后的选择结果显示见下选择结束后进入回车然后进入下一步的安装 提示缺少32-bit libraries选择跳过(Skip prerequisites)继续下一步开始安装以上选择的组件需要一点时间。出现以下界面即为安装成功。 下面配置Intel® Parallel Studio XE 2020的运行环境找到安装该软件所在路径下的psxevars.sh一般在intel文件夹下如我的路径是/home/intel/parallel_studio_xe_2020/psxevars.sh。接着将代码source /home/intel/parallel_studio_xe_2020/psxevars.sh加入到bashrc文件末尾。具体步骤为先回到主目录下cd ~,进入bashrc文件vim .bashrc输入i进入编辑模式将代码source /home/intel/parallel_studio_xe_2020/psxevars.sh复制在文件最后输入Esc进入取消编辑状态然后按住shift输入wq保存编辑并退出。回到命令行窗口输入source .bashrc显示以下界面即可配置环境成功。 使用cd进入/home/intel/compilers_and_libraries_2020.4.304/linux/mkl/interfaces/fftw3xf所在目录然后在命令行执行make libintel64命令运行后当前目录下会产生libfftw3xf_intel.a库文件。界面提示见下图。 将以上步骤严格执行后便完成了intel编译器的安装 VASP的编译
【安装步骤】 解压vasp.5.4.4.tar.gz安装包tar -xzf vasp.5.4.4.tar.gz 进入解压后的文件夹cd vasp.5.4.4 继续进入该目录下的arch文件夹cd arch 复制该目录下的makefile.include.linux_intel文件到上一级目录并改名为makefile.include 使用vim打开文件makefile.includevim makefile.include 找到OFLAG参数在其后面添加-xhost保存并退出(vim的编辑与保存操作参考步骤15) 在此目录下命令行窗口输入命令make all开始进行VASP的编译。 编译成功后回到home目录cd ~进入.bashrc文件vim .bashrc将路径代码export PATH$PATH:/home/vasp.5.4.4/bin加入到.bashrc文件末尾保存编辑并退出(vim的编辑与保存操作参考步骤15)。在命令行执行source .bashrc便可使用VASP。
VASP的测试
VASP安装成功后在bin文件夹下产生三个可执行文件(vasp_gam、vasp_ncl、vasp_std)我们主要使用的是vasp_std。下面将调用vasp_std测试VASP的运行。 从VASP官网的Tutorial中找一个案例比如我找的是Atoms and Molecules模块中的O atomhttps://www.vasp.at/wiki/index.php/O_atom。 下载其输入文件解压文件夹并进入该文件夹。在命令行执行mpirun -np 4 vasp_std开始vasp的计算计算结束后产生一系列文件。 检查结果文件OUTCAR计算过程完整且正常输出即说明vasp安装成功。
参考来源
本文主要是参考了卢天老师的博文VASP最简单的安装方法含全程视频演示。在老师的指导下将过程详细记录方便以后查阅。
