永久免费网站,动易网站 sql2005,wordpress文章推荐插件,设计师在线官网要开始学习处理fMRI的数据了。
fMRI的数据一般有 dcm 格式和 nii 格式。
Nifti#xff08;Neuroimaging Informatics Technology Initiative#xff0c;神经影像信息学技术倡议#xff09;文件格式#xff0c;是目前各大神经影像分析工具普遍兼容的体素水平的数据格式Neuroimaging Informatics Technology Initiative神经影像信息学技术倡议文件格式是目前各大神经影像分析工具普遍兼容的体素水平的数据格式也是在进行神经影像研究中最常见的一种数据格式。它是一个三维数组sMRI或者四维数组fMRI、dMRI再套上一个头部数据。数组里包含的就是图像体素值数据本身头部数据里包含空间和体素信息。
Matlab从2017b后就引入了专门的Nifti文件的解析函数SPM12Statistical Parametric Mapping统计参数映射。
一、使用matlab工具包 SPM12 读取fMRI数据*.nii
1首先得安装工具包SPM12我参考的是下面这篇博客
在matlab下安装spm工具_spmas包matlab-CSDN博客
2使用SPM12读取数据举例如下
inputDirD:\2_chenfang_labs\ECG-fMRI\result_removePhysio_40sub;
num40; % number of subject
subSampledir([inputDir,filesep]);for i1:numsubi2;imgNameSample dir([inputDir,filesep,subSample(sub,1).name,filesep,*.nii]);imgnumlength(imgNameSample);for jj1:imgnumDir_img[inputDir,filesep,subSample(sub,1).name,filesep,imgNameSample(jj).name];vSubspm_vol(Dir_img); dimvSub.dim; matvSub.mat;imgSubspm_read_vols(vSub);datareshape(imgSub,dim(1)*dim(2)*dim(3),1);data(isnan(data))0;data1(jj,:,:,:)data;% 读取fMRI数据end
end
3数据处理完后保存为nii文件。一般先转换为mat文件在matlab中进行处理然后保存为nii文件用另外的可视化软件进行分析。举例如下其中的vSub和上面读取nii文件时的vSub是对应的。
data_1avezeros(1,length(data1));
data_1avemean(data1(max_loc,:));% 只取峰值点对应的时间然后所有时间点作平均1维数据
data_1ave_reshapereshape(data_1ave,61,73,61); % 转换为3维数据这样才能保存为nii文件
vSub.fname (data_name.nii); % 保存的文件名称
spm_write_vol(vSub,data_1ave_reshape); % 保存为nii格式 二、使用 MRIcro 查看nii
处理完数据之后就得需要查看处理的结果数据可视化。可以使用MRIcro 查看。
话说不知道怎么用还是老师手把手教的。
1建议先打开两次MRIcro为了方便分析一般选择三个平面一起看。 2选择模板一个选ch2bet一个选all 3先后点击overlayload functional overlay... 然后选择文件。选择好文件后会出现一个overlay settings1先看范围2然后根据范围选择一个合适的范围3选择对称4最后点应用。 4如果觉得图片有点小可以选择放大 5如果用ch2bet模板不会显示对应区域的名字aal模板则可以显示对应区域的名字所以一般为了方便分析会打开两次。
